Sanger测序和片段分析的最新创新成果

Applied Biosystems™ SeqStudio™基因分析仪：
• 使用全新的SeqStudio基因分析仪进行测序和片段分析
• 直观的运行设置和实时质控结果监控 • 通过连接功能无缝整合到Thermo Fisher Cloud现有测序应用组合中
• 集数款强大的Sanger测序和片段分析应用亮点于一体，包括：
 - 质粒测序
 - 肿瘤学研究
 - 种属鉴定
 - CRISPR-Cas9基因组编辑分析
 - 人细胞系鉴定
 - Applied Biosystems™ SNaPshot™ 基因分型
 - 用多重连接探针扩增 (MLPATM) 技术分析人拷贝数变异 (CNV)

Applied Biosystems™基因分析仪以可靠性和值得信赖的结果为立足点。作为Applied Biosystems™毛细管电泳 (CE) 基因分析仪产品系列的最新成员，SeqStudio基因分析仪同样基于这一理念，但同时又追求易用、易维护，易于存取和分享数据。在本应用指南中，我们将介绍其独一无二的先进特性——将Sanger测序和片段分析的可靠性，与远程监控和云应用便利性结合在一起。

多功能卡夹
这款仪器的易用性在于最大限度提高效率和便利的新型卡夹设计。SeqStudio基因分析仪采用一种含有毛细管阵列、 POP胶以及阳极缓冲液的多功能卡夹。该卡夹可插拔，并可在仪器上存放达四个月之久。每个卡夹上均含有SeqStudio 系统所独有的新型聚合物，无需重新配置即可进行Sanger 测序和片段分析。多达四个毛细管可以处理来自标准96孔板或8联管的样品。卡夹和阴极缓冲液容器均带有射频识别 (RFID) 标签，可跟踪二者各自在仪器上加样（卡夹）和存放的时长（阴极缓冲液）。这一特性使科研人员可以利用同一台仪器，根据需要管理并使用自己的卡夹，进一步提高灵活性。最后，SeqStudio基因分析仪的维护工作也得到简化。仪器校准工作通过成像和算法工具的先进功能自动化完成。

紧凑的仪器设计
SeqStudio仪器具有小巧的外形，同时配有机载计算机和一体触摸屏，让您可快速、直观、灵活地进行运行设置。运行软件经过专门配置，可在运行不中断的情况下，在同一块板上设置测序和片段分析反应并在仪器上运行。这一特性开辟了简化分析的全新机会——例如，在同一次CE 运行中，您可将基于测序的位点突变筛选检测与基于片段分析的CNV检测结合在一起。

连通体验
通过整合无线连接功能，仪器的便利性提升至全新水平，由此可通过联机触摸屏，远程计算机和移动设备APP 操作仪器。用户可使用联机计算机或独立的软件 PlateManager（在Thermo Fisher Connect或单独的计算机上工作的独立软件）来设置运行。通过使用基于网页浏览器的软件，只要能上网，就能随时随地地访问运行设置、反应板图、运行条件和分析设置。加样条件、重新加样和重新调整加样次序可在运行期间调整，从而最大限度提高从每块板采集优质数据的能力。采集数据后，基于网页浏览器的应用程序组合包（Sanger Quality Check、Sanger Variant Analysis和Next-Generation Confirmation (NGC)）可轻松、方便地分析数据。完成运行后，DNA序列变异、序列比对，以及片段分析工作均可立即开展。最后，云连接允许合作机构在不同地点监控、存取和分享数据信息，快速分析统一数据集。在本应用指南中，我们将演示如何将全新的SeqStudio基因分析仪无缝整合到部分最常见的Sanger测序和片段分析应用中。SeqStudio基因分析仪的易用性和数据分析便利性，可为研究人员带来最大限度的灵活性，使该系统成为基因分析工具包之中必不可少的新利器。

质粒测序
Sanger测序最常见应用之一是分析亚克隆到质粒之中的插入片段。Applied Biosystems™ BigDye™化学试剂被Sanger 测序广泛使用，是质粒测序工作流程不可分割的一部分。 SeqStudio平台的部分新特性包括，可让质粒测序研究人员获益。该仪器预先加载了针对短 (<300 bp)、中 (500 bp) 和 (>600 bp) 长读长应用优化的测序模块，还可针对特殊要求进行定制。其配备的可插拔式卡夹可关联单独的项目和用户。基于云的Sanger Quality Check应用程序包含了一套分析测序痕量数据直观工具。最后，云连接功能支持远程监控、存取和分享测序信息，有助于合作机构快速分析统一数据集。

通过pGEM7zf+质粒、M13引物和Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v3.1化学试剂，测定SeqStudio仪器的质粒测序性能。通过Thermo Fisher Cloud（图3）上的Sanger Quality Check模块分析测序痕量数据，获得分析结果。在本实例中，测序16个孔内的相同质粒，并在SeqStudio基因分析仪上通过4次加样分析。请注意，各样品的痕量数据得分、峰间 (PUP) 值、连续读长 (CRL) 和QV20+（质量值大于>20的长度）相似。使用Applied Biosystems™ BigDye™ Terminator v1.1化学试剂进行的其他序列测序和实验获得了相似结果。这些数据表明，SeqStudio平台可以获得极高质量的质粒测序结果。

肿瘤学研究、二代测序验证
临床研究人员可采用SeqStudio基因分析仪保证金标准检测质量，验证肿瘤组织中是否存在突变等位基因。SeqStudio 系统通过整合以下工具，简化了Sanger测序工作流程：

• 针对提取自福尔马林固定石蜡包埋组织的片段化DNA， SeqStudio基因分析仪预装载了经过优化的运行模块。
• 基于云的NGC模块，允许研究人员通过Sanger测序痕量数据，快速验证二代测序 (NGS) .vcf文件发现的变异。
• 频率低至5%的等位基因变异，可采用Applied Biosystems ™ Minor Variant Finder (MVF) 软件以及SeqStudio仪器生成的Sanger痕量数据检测出来。
• Applied Biosystems™ BigDye™ Direct和BigDye XTerminator™化学试剂提供了单管测序和回收解决方案，简化了Sanger测序工作流程。

SeqStudio基因分析仪检测肿瘤样品突变等位基因的性能，可通过分析源自10份不同FFPE肿瘤样品的基因组DNA、测定4种不同热点区域的变异频率来测定。采用Ion Torrent™ Oncomine™ Oncology Focus Panel进行NGS，通过BigDye Direct/BigDye XTerminator化学试剂和MVF软件进行Sanger 测序，测定突变等位基因的频率。通过与NGS测得的等位基因频率相比较（约9%-70%），SeqStudio基因分析仪测得的频率相关性非常出色。

SeqStudio基因分析仪的变异频率分析能力，也可使用含有靶向KRAS和NRAS中最常见致瘤突变的Sanger测序引物的 96孔板进行测定。使用SeqStudio精确测定1 ng稀释的FFPE 来源DNA中低频等位基因频率。因此，需要检测罕见等位基因的研究人员可充分信任SeqStudio基因分析仪能够产生FFPE组织精确分析结果。

最后，基于云的NGC应用可以根据扩增子和样品组织整理 Sanger测序数据，并与.vcf文件之中的候选变异序列进行比对，简化了NGS变异数据的验证工作。为了展示NGC APP 在肿瘤学工作流程之中的应用，我们采用Sanger测序，验证通过Oncomine Oncology Focus panel发现的NRAS突变是否存在。 SeqStudio结果证明 NRAS (p.Ala59Thr) 中的突变存在。因此，NGC APP对测序痕量数据最有意义部分的集中、快速检验，有助于促进NGS变异验证工作。